Lưu ý rằng việc phân chia họ Canidae thành "cáo thực thụ" (tông Vulpini) và "chó thực thụ" (tông Canini) có thể không phù hợp với các quan hệ thực tế và việc phân loại theo đơn vị phân loại của một vài loài cáo, chó hiện còn gây tranh cãi. Tuy nhiên, phân tích ADN gần đây chỉ ra rằng Canini và Vulpini là các nhánh hợp lệ, nhưng loại trừ hai chi: Nyctereutes và Otocyon. Đây là các loài thuộc nhóm cơ sở của họ Chó và không có quan hệ họ hàng gần với cả Vulpini hay Canini. (Một số chứng cứ cũng đề nghị điều tương tự cho chi Urocyon.)

Các chi Speothos và Chrysocyon là các thành viên nguyên thủy của Canini, nhưng cũng có thể được đặt trong nhánh riêng của chúng. Chi Cuon có thể trên thực tế là một phần của chi Canis và cũng tồn tại một số chứng cứ cho thấy hai chi Alopex và Fennecus có thể không phải là các nhánh hợp lệ mà là một phần của chi Vulpes.

Chó nhà được một số học giả liệt kê như là Canis familiaris còn những người khác (bao gồm cả Viện Smithsonian và Hiệp hội các nhà nghiên cứu thú Hoa Kỳ) lại coi nó là phân loài của sói xám (tức là Canis lupus familiaris); sói đỏ có thể là hoặc không là một loài theo đúng nghĩa; còn chó Dingo, được phân loại một cách khác nhau là Canis dingo, Canis lupus dingo, Canis familiaris dingo hay Canis lupus familiaris dingo. Ít nhất có một phân loài chó sói gần đây đã được liệt kê như là một loài riêng rẽ - đó là sói miền đông Canada (Canis lycaon). Tuy nhiên, đây là sự phân loại còn gây tranh cãi.

• Canidae cơ sở
  • Otocyon (có thể là Caninae cơ sở)
• Phân họ Caninae
  • Tông Canini
    • Atelocynus
    • Canis
    • Cerdocyon
    • Chrysocyon
    • Cuon
    • Cynotherium †
    • Dasycyon
    • Dusicyon
    • Eucyon †
    • Indocyon †
    • Lycaon
    • Nurocyon †
    • Protocyon †
    • Pseudalopex
    • Speothos
    • Theriodictis †
    • Xenocyon †
  • Tông Vulpini
    • Vulpes
    • Urocyon
  • Caninae cơ sở
    • Nyctereutes
    • Leptocyon †
• Phân họ Hesperocyoninae †
  • Cynodesmus †
  • Caedocyon †
  • Ectopocynus †
  • Enhydrocyon †
  • Hesperocyon †
  • Mesocyon †
  • Osbornodon †
  • Paraenhydrocyon †
  • Philotrox †
  • Prohesperocyon †
  • Sunkahetanka †
• Phân họ Borophaginae †
  • Archaeocyon †
  • Oxetocyon †
  • Otarocyon †
  • Rhizocyon †
  • Tông Phlaocyonini †
    • Cynarctoides †
    • Phlaocyon †
  • Tông Borophagini †
    • Cormocyon †
    • Desmocyon †
    • Metatomarctus †
    • Euoplocyon †
    • Psalidocyon †
    • Microtomarctus †
    • Protomarctus †
    • Tephrocyon †
    • Phân tông Cynarctina †
      • Paracynarctus †
      • Cynarctus †
    • Phân tông Aelurodontina †
      • Tomarctus †
      • Aelurodon †
    • Phân tông Borophagina †
      • Paratomarctus †
      • Carpocyon †
      • Protepicyon †
      • Epicyon †
      • Borophagus † (đồng nghĩa Osteoborus)